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正如祖父罗杰二世一样，他大力资助艺术，在（自己设计的）宫中填满了马赛克艺术品、大理石、油画和雕塑。他在巴勒莫的宫殿成为欧洲著名的学术中心，尽管离文艺复兴运动还有两个世纪，这里已经成为文艺复兴的殿堂。难怪当时的人们称他为“世界的奇迹”。
尽管腓特烈二世统治着欧洲两端的两大国，他关注的显然是西西里。西西里岛饱受内战和外敌入侵的摧残，大部分地区人口剧减。他从德意志返回后，便安排退役士兵在此定居，并在未被利用的土地上发展工业。随后他宣布打倒一切封建残余。他将各省的长者召集到宫中，询问他们当地的传统王法及习惯法。他将这些条文一一核对，去除矛盾的内容，整理制定了官僚机构的章程，界定了不同官员的权力。从妓院管理到臣民着装规定，大小事务都纳入控制管理。他任命了只对国王负责的法官，旨在遏制腐败，并为寡妇、孤儿和穷人提供免费的法律援助。尽管腓特烈二世拥有绝对统治权54，但他的章程为成文法开创了先例，并长期成为西西里法律的基础，直至19世纪。
尽管腓特烈二世改革了西西里，但远在国外的事件迫使他将注意力转向圣地。公元1187年耶路撒冷沦陷，但无论是第三次十字军东征还是灾难性的第四次东征，都没能将其收复。于是，公元1217年，第五次东征开始了。腓特烈二世含糊其词地承诺随同出征，但一如既往地食言。尽管缺少强人领袖，但十字军仍取得一些进展，迫使苏丹提出用耶路撒冷换取敌对行动的停止。十字军预期腓特烈二世即将领兵前来，因此拒绝了苏丹的请求。然而，随后他们便遭到反击，仓皇而逃。无论公平与否，每个人——包括圣地和欧洲——都将这场灾难归咎于腓特烈二世。
腓特烈二世似乎并没有太过烦心，面对国际上的巨大压力，他继续无视自己的誓言。绝望的教皇同意增加筹码。耶路撒冷王国13岁的继承人尤兰达（Yolanda）未婚，而腓特烈二世也是鳏夫。二人于公元1225年结婚，于是腓特烈二世正式成为耶路撒冷国王。这样他有了新的动机，承诺在1227年年底之前发动十字军东征。他将出征日期定在8月，但因发烧而推迟，声称直到身体痊愈方可出发。教皇怀疑这又是他的拖延策略，一怒之下将其逐出教会。
腓特烈二世与教皇谈判数月，仍未能取消禁令，于是他决定无视教皇，发起拖延已久的远征。这次十字军东征颇为奇怪。他是一个被逐出教会的怀疑主义者，根本不相信自己为之奋斗的信仰，他的军队规模极小，不足以完成使命。他根本不被耶路撒冷的守军放在眼里，也不可能得到国际援助。但这些都没有困扰他。由于军队规模太小，外交途径成为唯一选择，而他很清楚自己在这方面的能力。
一抵达阿卡（Acre），他就用渊博的知识和完美无瑕的阿拉伯语折服了苏丹的使者。苏丹的博学之士与他交谈后，汇报称他几乎可以在各个领域与他们交流。数周后两位君主亲自会面，结果也是如此。苏丹为他的魅力所倾倒，同意交出耶路撒冷（当然，圆顶清真寺除外）及海岸地带一小部分地区。一个月后腓特烈二世便进入了他刚刚赢得的城市，正式接管。他径自走向圣墓教堂，从圣坛高处拿下金色王冠，将自己加冕为耶路撒冷国王。
尽管他取得了意想不到的胜利——除第一次外，其他所有的十字军东征均以失败告终——但大多数欧洲人都对此反感。尽管耶路撒冷暂时回到基督徒手上（至少在腓特烈二世手上），但一些最神圣的地方仍被穆斯林把持着。耶路撒冷被穆斯林的领地包围着，而且根据协议，基督徒禁止建造城墙。大家一致认为，耶路撒冷再次陷落只是时间问题。
此外，最主要的原因在于，收复耶路撒冷的是一个异教徒。就在腓特烈二世加冕一天后，该撒利亚主教兵临城下，封锁了耶路撒冷。城内分化为两派，分别拥护腓特烈二世和支持教皇。在当时的情况下这座城市根本无法统御，腓特烈二世就此离开，从此不再回来。群龙无首的耶路撒冷又挣扎了15年，最后不出意料地再次回到穆斯林手中。
腓特烈二世匆忙回国另有重要原因。他在圣地得到消息，摄政王已经发动了和教皇的战争，教皇大军已经入境。抵达意大利后，这位以公正、慷慨、富有外交手段而著称的君主，展示了自己残忍无情的另一面。他赶走了教皇军，对勾结教皇的人穷追猛打。叛变的贵族应邀前去谈话，结果均遭抓捕。异见人士被裹起来扔进火炉，他们的妻子则被塞进阿普利亚城墙，垒上砖头，在折磨中慢慢死去。
腓特烈二世和教皇的战争令中世纪的人们深感不安，但关于是非对错大家看法不一。林肯主教谴责教皇是反基督徒，但其他人咒骂腓特烈二世，甚至计划将其谋杀。双方都认为出现了可怕的问题。基督教世界的精神领袖和世俗领袖应该成为同盟而非敌人。当双方终于在公元1230年达成和平协议时，欧洲多数地区如释重负。
