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事情到后来就起了变化，明王朝税收里有一个重要漏洞，就是士绅以及公爵王室可以免税。也就是说，整个国家的税收，都是由中下层来完成。这个政策后来越发被人钻空子，比如土地税，许多地主乃至小民，都把田地寄放在有免税特权的地主家中，美其名曰为“寄主”，以用来逃避赋税。而后来明朝土地兼并严重，大量地主阶层兼并土地，他们拥有广袤的土地却不用交税，无地的农民，反而要承担苛刻的税赋，因此民变也就不断。到了明朝“弘治中兴”的时候，明王朝可以用来收取农业税的土地，已经由朱元璋时期的800多万顷下降到此时的400多万，足足缩小了一半。为了应对税收危机，从明孝宗朱祐樘开始，明朝主要是通过扩大税源，即向人少地多的湖广地区移民的方法来增加税收，对于要承担重税的江南地区，明王朝也一直在进行改革，通过减免税收流程，增加税收效率的办法，来尽可能地解决税收矛盾。特别是到了正德皇帝朱厚照在位的时候，第一次开始大规模的征收海关税，对外国贡使来华贸易，也开始征收百分之二十的关税，但这些措施治标不治本。到了明朝嘉靖皇帝在位的时候，明王朝税收几乎到了“匮乏”的程度，北方蒙古部落不断侵扰，军费激增，南方倭寇不断进犯，东南的税赋大半泡汤，在这样的情况下，明朝只能不断在中路地区，尤其是江西、湖广地区增税，以及在西南地区把持贸易特权，通过与西南民族的“茶马贸易”来扩大财源，这样的方式只是拆东墙补西墙。明朝虽然平定了倭寇，抚和了蒙古，但到公元1566年嘉靖皇帝去世时，明王朝的政府存粮，竟然只能支持一个月。经济问题，已经到了不得不解决的时候了。
这时候，解决问题的办法出现了，这就是历史上著名的张居正改革。
二
今天说起从万历元年（公元1573年）至万历十年（公元1582年）的张居正改革，总把其中的“一条鞭法”作为张居正的独创成就。其实早在此之前，一条鞭法就已经产生。最早出现在宣德年间的江南，只是当时叫“征一法”。明朝经济的重新整合，开始于张居正之前的隆庆皇帝朱载垕在位时期，当时主政的大学士高拱，已经开始在全国进行一条鞭法的试点，河南、江苏、安徽，实行一条鞭法，几年之后张居正推广全国，已经是水到渠成。
一条鞭法的着眼点，是明朝此时可以用来缴纳田赋的土地减少，且税收的名目多，给了地方官员贪污截留的机会。一条鞭法把所有的农业税，都统一成一样，化繁为简，折合成白银一次性征收，这样既能使小民百姓少受盘剥，也能将国家的税收效率发挥到最大。在一条鞭法之前，中国老百姓缴纳的主要是实物税，一条鞭法实行后，就变成了货币税，从经济方面来说，这不仅发展了国家的商品经济，也提高了货币流通效率。
在一条鞭法实行的同时，张居正大刀阔斧，开始了全国的清丈土地，主要是清查那些用各种名义寄存，偷税漏税的土地。清丈的结果，就是明王朝可用来征收赋税的土地，由过去的400多万倾，变成了此时的700多万顷。虽然不及朱元璋时期，但是税收效率却远高于那时，因此这也是明王朝税收效率和税收总数最高的一段时期。张居正改革的最高峰时代，明王朝的年税收是800万两，如果结合当时白银的购买力，不但远高于明王朝建国时，也远高于后期清王朝康乾盛世时，这可以说是中国封建王朝历史上税收最高的时候。明朝末年的崇祯，通过各种方式增加田赋，但最后的结果，每年的赋税也不过400万两，而军费开支却增加到了600万两，年年财政赤字，以至于最后破产。
农业税的整顿并不是张居正改革的全部，张居正改革的另一个着眼点，是商税改革。张居正主张“农商并举”，他的方式，是减少税收环节，减免商税，增加税收的效率。一方面，他将海外贸易机构市舶司的权力下放，将贸易的权力完全下放给沿海商人，并且根据每次贸易的数额和利润征税，而不是像过去根据出海时间的长短来征税，这样就保证了大部分商人的利益。另外张居正减免走税的关卡，减少走税，增加贸易税，也就是根据商业贸易的利润征税，并且严禁商人与当地势豪大户勾结。到了万历九年（公元1581年）的时候，明王朝的商业税收益，占到了明王朝国家年收入的四成，这是明王朝建国以来从未有过的事情。
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