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印尼自独立以来只有三位总统。迄至1998年5月，只两位总统。
第一位总统苏加诺（Sukarno，他原有名亚克米Achmed，以后沿用爪哇人习惯，将此名放弃，姓名只一个字），早岁被荷人监禁，第二次大战期间曾与日人合作，但始终不忘印尼独立宗旨。V-J Day后出面为新国家领袖。
此人曾被批评为好大喜功，不务实际。他实行独裁统治，又号称“督导下之民主”（Guided Democracy），自任终身总统。1962年他发动对荷属新几内亚的战争，引起联合国调停，因之该区域终并入印尼版图。1963年反对马来西亚建立联邦。他的“毁灭马来西亚运动”以伞兵降落北婆罗洲，部分并降落于马来半岛直接威胁吉隆坡。因马来西亚被获选加入联合国之安全理事会则使印尼退出联合国。他之强调亲共反西方立场，自我标榜为“雅加达—北京—河内—琅勃拉邦—平壤轴心”。在这方面他确有轻狂跋扈姿态。
可是另方面我们检讨印尼立国背景，虽仍不必对苏加诺同情，至少可以了解此人立场之由来。印尼之小岛不论，大岛则各有不同特色。土著属于三百多个不同族群，操一百五十种语言。1945年全民识字率不及百分之十（现已在百分之七十以上）。1955年首次全国大选时，有一百六十八个政党参加竞选（现今只有三个），历史最悠久的则为印尼共产党（苏加诺之党称国民党）。伊斯兰虽为印尼人民精神团结力量，本身却分裂为多数政党，有的只主张以宗教组织参加社会活动，有的则主张以教立国，以教治国。
荷兰之放弃印尼不如英国之和平退出印度，最初重组殖民地军队与印尼作战，几经调停停战之后方接受新时代之现实，苏加诺亦采机会主义，以军事行动外交谈判达到其完全独立之目的。但在1950年间及1960年间各地叛乱，大小不已。这种种情形表示印尼过去缺乏组成独立国家之经验，此际则尚未树立新国家立国之宗旨。惟有仇荷反殖民地政策延伸而为反西方，发展而为战斗性的民族主义方能掌握左右。苏加诺机智，表面上反对西方，但仍利用美国惧共心情与之谈判。其提倡民族主义又不免引起印尼人之攻击华裔，因此其政府愈表示亲中，人民则加紧排华。
1965年财政失控，通货膨胀至百分之六百。十月底一部分军官叛变，自谓肃清军中与美国中央情报局沟通之将领。大部军人不为所动，推举苏哈托（Suharto）少将为首迅速镇压叛变。指斥其为共产党主使。两方出进之间引起全国各处暴动。伊斯兰教青年极力攻击亲共分子及于华裔。事后苏加诺承认死者八万七千人。《纽约时报》载死者十万。亦有专家判断死者多至七十五万者。内中华裔罹难人数至今尚在争执中，有称多至三十万者；亦有称此数绝不可能。
苏哈托从此为第二位统治者。苏加诺在软禁中于1970年逝世。
苏哈托于1968年正式就任总统。他的政权称为“新秩序”，又自谓为“在管制下获得意见一致”（consensus through control）。骤看起来，这也与“督导下之民主”无甚出入。
但是他取得政权之后立即停止对马来西亚战事，揭橥反共宗旨，与西方各国示好，致力于经济之发展。他虽为伊斯兰教徒，但竭力抑制伊斯兰教政治团体，实际以军立国以军治国。至今印尼各处地方政府尚在军人掌握之中。一般说来华裔在他执政期间生活较有保障，有的循着他的经济发展而成为大亨。因之他被攻击与他的子女坐受贿赂任华裔垄断印尼。
