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吉斯卡尔返回意大利做了必要的安排，但为了镇压叛乱和抵抗拜占庭大军，又耽误了7年。与此同时，罗杰利用柏柏尔人和阿拉伯人的多年冲突，让他们不得安宁。由于长期以来人力缺乏，他学会了耐心，满足于缓慢前进、巩固战果。公元1068年，罗杰在一次出击时落入柏柏尔人残余势力的埋伏。对手仗着人多势众，要求罗杰投降。但意想不到的是，罗杰乐观地选择进攻，命骑兵数次冲击，消灭了敌人。
穆斯林暂时没有冒险与罗杰公开交战，而后者充分利用这场胜利，打起了心理战。他用敌人的血写信，详细描述战果，并飞鸽传送到巴勒莫。随后罗杰亲自率军攻城，吉斯卡尔的舰队也早就严阵以待。面对如此阵势，这座城市几乎当场投降。罗杰提出的条件，表明他已经从特罗伊纳的叛乱中吸取了教训。尽管他要求巴勒莫接受诺曼人的统治，但穆斯林只要承认新政权，就能享有宗教信仰自由。这种符合常识的解决方案及多数人的宽容，构成了诺曼人的统治基础。这是一个缓慢痛苦的过程；完全征服又多花了20年，但罗杰所到之处，无不提出保留宗教信仰这个条件。希腊人的教堂由国家出钱重新修建、翻新；占西西里人口80%的穆斯林获准按照过去一个世纪的方式生活，也可以继续坚持100年以来的信仰。负责税收和司法的地方政府得以保留，新的行政机关还吸收了东正教教徒和伊斯兰教信徒。
唯一严重的阻力来自西西里东南海岸的主要城市锡拉库萨的埃米尔，但罗杰必须要亲自面对这个敌人。巴勒莫沦陷后，吉斯卡尔带着大部分兵力离开了西西里，再也没有回来。
攻取锡拉库萨的第一步是要确保切断它与北非的联系。柏柏尔军队仍然分布在西西里周边，马赫迪耶的埃米尔也在制造麻烦，令人觉得不祥。不过内战切断了他和北非内陆的联系，因此急需西西里的小麦。罗杰深知他的困境，聪明地提出签订专用贸易协议，为马赫迪耶提供一切所需的粮食，从而使他保持中立。
作为回击，锡拉库萨的埃米尔突袭罗杰领地上的一个修道院，劫走一些修女，强占为妾。这一行径极有可能引发宗教战争——这是罗杰不惜一切代价也要避免的结果——于是他立即采取行动。罗杰召集大军，其规模前所未有。他派舰队从海上封锁该城，并从陆上进军。舰队率先到达，与穆斯林船只在海上交战，地点正是1500年前雅典海军在伯罗奔尼撒战争中失利的地方。这次战争同样起到了决定性的作用。埃米尔亲自指挥战船，但不幸从船上落入水中。手下惊恐失措，还没来得及施救，他便已经被装甲部队拽入水底。锡拉库萨抵抗了数天，但失去了埃米尔，当地军民无心殊死一搏，最后选择投降。
这次胜利实际上消除了穆斯林在西西里的势力。尽管尚有残存势力，但双方都意识到战争结束指日可待。之后30年，罗杰大多时间都在无情地镇压这些势力，到了公元1086年春，唯一仍在反对他的埃米尔只有伊本·哈穆德（Ibn Hamud）。此人盘踞西南海岸的阿格里琴托（Agrigento），但其势力源于西西里岛中心地区城市——恩纳的一座堡垒。那座堡垒固若金汤，罗杰和罗伯特都曾试图攻取，但无一成功。而且由于资源有限，再次发动正面攻击显然不会产生作用。不过征服对手的办法不只有凶狠的武力，罗杰很快心生一计。他如往常一样仔细准备。第一步是切断伊本·哈穆德与潜在盟友的联系。西西里的穆斯林历来都会获得北非方面的援助，但罗杰成功地与突尼斯埃米尔结盟，切断了其与伊本·哈穆德的联系。罗杰手下的外交官乘胜归来不久，另一位信使传来消息：一支突袭部队成功抓捕了伊本·哈穆德的妻儿。
现在唯一要做的就是给穆斯林致命一击。毫无疑问，罗伯特·吉斯卡尔极力主张他的优势，趁着伊本·哈穆德战败后尚未恢复元气，猛攻恩纳。但罗杰有更精妙的策略。他完全清楚，伊本·哈穆德的家人是自己手中的重要筹码。因此他小心谨慎地优待这些俘虏，给予他们足够的尊重。他们的旅途非常舒适，享受与罗杰同坐一桌的荣耀。除了没有自由，他们的一切要求都得到满足。罗杰从容不迫，重建防御工事，巩固诺曼人对新领土的统治。伊本·哈穆德成为孤家寡人，不得不考虑继续抵抗是否还有意义。
伊本·哈穆德很快认识到现实情况。穆斯林在当地日益站不住脚，外部援助的希望也彻底破灭。由于罗杰的怀柔政策，伊本·哈穆德很难唤起人们的反抗情绪，也无法激发残余部队继续为注定无法成功的战争流血牺牲。
