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至少从短期来看，教皇彻底转变立场的选择非常明智。奥托的侵略看似不可阻挡，但实际上来也匆匆去也匆匆，因为教廷在他不在场的情况下便将其逐出教会。这场胜利的远征变成了尴尬的竞赛，他要抢在腓特烈二世之前登上王座，而后者将西西里交给妻子治理，返回德意志。他抢先一步，抵达德意志西南部城市美因茨。
尽管腓特烈二世的王位继承权更合法，但他和奥托起初都不曾占据上风。南方的贵族从来没有完全支持过奥托，这一次他们支持腓特烈二世。但北方的贵族却更倾向于支持他们熟知的“恶魔”奥托，而非自己并不了解的腓特烈二世。双方陷入僵持，谁都无意冒险进攻，除非确定自己握有某些优势。小心谨慎很有必要。两军在第一次也是唯一一次冲突中基本相持不下，直到奥托的坐骑受伤，侍从才焦急地护送他离开战场。此时谣言四起，说他抛弃了大军，结果导致撤退变成了溃败。奥托回到北方的一处家族领地，坚持抵抗了三年。
公元1215年盛夏，腓特烈二世在首都亚琛再次加冕。这场庆典并不完美，因为教皇在赐予他“皇帝”头衔的问题上拖沓不决。但无论是国王还是皇帝，腓特烈二世现在面临着一个重要的问题：他在哪里立足？他控制着欧洲另一端的国家，中间隔着阿尔卑斯山和敌对的伦巴第诸国。巴勒莫和亚琛都是西欧世俗权力的中心。
如果只考虑个人威望的问题，这个选择很容易做出。“皇帝”的宫邸、查理曼的继承人，以及——至少从宣传上说——古罗马帝国的荣光，显然胜过西西里王国。然而，他还有更加实际的考量。在德意志腓特烈二世权力受限，他要对封建贵族负责，而这些贵族聚集到他的麾下，并非出于忠诚，而是要摆脱先前的统治者。但另一方面，在西西里，他将是拥有绝对权力的君主，可以随心所欲制定法律。在南意大利，他也更有在家的感觉。尽管腓特烈二世拥有条顿人的名字，但他是南方诺曼人的后裔。他在巴勒莫成长，这里塑造了他的神形思想。因此，当他面临选择时，他毫不犹豫地回家了。之后大约35年间，他只回过德意志一次，只是短暂停留。
可以料到教皇对此愤怒至极。教皇支持腓特烈二世的条件之一，就是后者将南意大利传给其子，将势力范围限定在德意志。因此腓特烈二世才重新立誓，参与十字军东征，以图安抚教皇。如果说腓特烈二世当即备战，他的表态会更有效果，但事实上他对耶路撒冷几无兴趣，对基督教更没兴趣。有时他还卑鄙到嘲讽自己军中的基督教元素。在一次战斗途中，他指着一片麦地说“你们的上帝就在这里生长”——这话是在贬损圣餐饼。
然而，如果说他对宗教没有兴趣，他对其他一切事物倒是充满好奇。他的好奇心永远都不满足，如果学界权威的观点与他的观察结果不合，他愿意一反常态地抨击这些权威，如普林尼、希波克拉底和亚里士多德。他收集了各种动物，尤其喜欢异国物种。他集齐了大象、长颈鹿、骆驼、猎豹、黑豹、猴、熊和开罗苏丹送来的珍禽——白色凤头鹦鹉。不过他不只是动物爱好者。他用科学的方式接触万物。例如，他曾记录苍鹰瞄准猎物时眼睛会瞪大，还记载过两种猎鹰的不同并非过去传统所论述的那样。他写了数篇关于驯鹰的论文；还将鸟分类，并研究它们筑巢、迁徙的方式和日常习惯。
他邀请各国学者入宫。数学、几何学和代数学专家都为他写过论文。医学在欧洲其他地区几乎不存在，但他解囊资助。那不勒斯成立了一所大学，成为意大利仅有的两个获准教授医学的地方之一。52未来的医生需要该校专家委员会授予执业许可，方能服务病人，这样就为质量控制提供了统一标准。学校获赠一批希腊文和阿拉伯文文稿，这样（如腓特烈二世所说）有助于学生“旧瓶装新酒”。学生都有补助，在外旅途中还有皇家卫兵保护，这一切都由国王出资。学生们也被低廉的学费和实用的补贴款所吸引，纷纷来到那不勒斯求学。
腓特烈二世是一位多产作家，他完成了数篇医学论文，甚至亲自开业行医。在处理政务期间，他抽时间指导兽医照顾马匹，参加最著名的数学家的讲座，还亲自试验，切开尸体的腹腔，探索肠胃功能。
他还是一位颇有成就的诗人，热爱语言学53，曾试图实现意大利语的标准化。但丁为完成这一任务做出了主要贡献，他非常认可腓特烈二世，称其为意大利诗歌之父。腓特烈二世精通西西里王国境内所有语言，包括意大利语、希腊语、拉丁语、阿拉伯语、德语和法语。
