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他在佛学上最为有名的一套理论，是“三教同源说”：佛、儒、道三教，本源是相同的。
佛、儒、道三教之间的对立与争执，由来已久。佛教于汉代传入中原之前，儒、道就有了数百年的争执，佛教从西域传入后，宗教间的冲突在所难免，到魏晋南北朝达到一个高峰。比方说儒佛争论中的礼制问题，僧人觐见皇帝是否应当行士大夫的跪拜礼节，从东晋到刘宋都有过大规模的辩论，跪拜令屡颁屡废，出世的僧人还是占了上风。
又比如道、佛之争，西晋道士王浮撰写了一部《老子化胡经》，说老子出关，往生西方后，才有了佛教。这一说法自然遭到了佛教信徒的不断攻击，刘宋末年，又有道士顾欢撰写《夷夏论》，极力诬佛，两家的争论升级。佛教徒说，佛祖派了三个弟子到中国，一个是孔子，一个是颜渊，另一个就是老子。大家各自意淫，争吵也得不出个结果。
梁武帝颁布《舍道诏》，将佛教推崇到最高的位置，宣布佛教为国教，对这个问题作出了裁决。但是他不把儒、道两教一棒子打死，因为他本人在儒、道方面的修养都不低，留下了很多注解孔子、老子思想的著作。他认为儒、道也有不少优点，三教不应对抗，而应融合，彼此作为参照与补充。他常常称释迦牟尼、孔子和老子为“三圣”，也重视儒、道两教的作用，大力开办经学馆，敬重著名道士陶弘景，等等。这些举措，是相当符合他最高统治者的身份的。
梁武帝在三教同源说的基础上，又发展出了很多容易接受的佛教戒律，对今天影响最大的，莫过于开僧人必须吃素之先河。
素食之风于中国，比较有历史。道家的养身之道中，就包含了“五谷为养，五果为助”的饮食理论。文人喜欢搞素食斋禁，有甚于现代的女生瘦身行为，是一种风尚。如果干涉别人的吃素行为，那就可能有坐牢的危险，弄不好还会掉脑袋，更夸张的是，如果在吃素的时候不小心放了一个屁，被人听到了，那叫“坐斋不谨”，也会被砍头。（如此看来，古人玩时尚，可要比现代人喜欢玩的“极限大挑战”刺激多了，搞不好就把小命扔里头）
相对来说佛教就比较人性化了，它有所谓吃“三净肉”的说法，即：一谓眼不见杀；二谓耳不闻杀；三谓不为我杀。只要符合这三个条件，信徒是可以吃肉的。今天很多地方还是如此，不说远的，我有一位泰国的朋友告诉我，泰国的和尚就吃肉。
“荤”的本意也不是肉类，“荤”通“熏”（粤语里这两个字就同音），是指气味熏人的蔬菜，比如葱、蒜、韭菜等（今天不少人，尤其是女生，不喜欢吃这些，说起来也是很有修行潜质的）。“荤”字从草而不从肉，便是明证。
慢慢地人们的思想又有了“进步”。佛教徒相信六道轮回，一切众生，生生死死，因因果果，永远在里头死循环。今生你吃了猪，下辈子你就要做猪被人吃，吃来吃去，都是受苦，太可怜了。（这逻辑实在荒谬。听过一个笑话：有个和尚劝一个杀牛的改行，说你杀牛杀多了，来世要变牛的。结果杀牛的说：“既然如此，那我还是杀个和尚吧，因为我来世想当和尚。”）
