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桓玄初步掌控了建康的大局，紧接着就采取了三项措施巩固其权力：
首先是任命刘牢之为会稽内史，这个职务表面看是一郡权力上的No.1，实际上却剥夺了刘牢之对北府兵的控制权。刘牢之一介武夫出身，视兵权为命根子，心里有意据江北对抗桓玄。他私底下找到刘裕，商量对策。刘裕何等聪明，当即指出桓玄“新得志，威震天下。三军人情，都已去矣”，现在要和他对着干，怕是没戏。他并向刘牢之请求返回老家京口。将领何无忌向刘裕请教当前的局势，刘裕答道：“我看刘牢之难逃一死，你不如和我一起回京口，以观其变。桓玄若是甘为人臣，我们就老老实实地跟着他干。如若不然，你我还可以起兵图之。”
刘牢之召集手下开会，还想谋划讨伐桓玄。参军刘袭气呼呼地说：“天下最不该做的事就是反叛。将军当年反叛王恭，最近反叛司马元显，现在又要反叛桓玄；一人三反，还凭什么立足天下？！”说罢拂袖而去，其余将领也纷纷离去。刘牢之这才慌了神，让儿子刘敬宣去京口迎接家眷，约定的时间没见着人，以为事已败露，带着本部人马仓促北逃，逃到新洲，走投无路，自缢而死。几乎是北府兵代名词的刘牢之就以这样狼狈的方式结束了他的一生。
从桓玄出兵这件事前后刘牢之和刘裕的不同表现，我们就可以看出二者的差距：刘牢之军事方面很强，但在其他方面近乎白痴，尤其在利害关系的判断上显得相当幼稚，他又在政治立场上做“三姓家奴”，毫无信义可言，得不到大多数人的支持，这样的人可以拿来做成大事的工具，而不可能自己成就大事；刘裕则不同，虽说王夫之等人在史评中指责他其实也是“一人三反”（先反刘牢之，再反桓玄，最后“反”晋称帝），但他的所谓反并不是简简单单“墙头草”式的反，而是颇有行事原则，他在每次做出决断之前都充分分析了局势，并对将来的行动做好了周密的计划。所以说，刘裕不仅打仗有自己的一套，而且审时度势，该用强的时候用强，该示弱的时候示弱，玩弄权术的手段并不差过同时期那些门阀大族出身的政治人物，这样的人只要再有一点运气，获得成功指日可期。
桓玄轻而易举地除掉了刘牢之，接下来他对北府兵旧将也毫不留情。吴兴太守高素、将军竺谦之、竺朗之、刘袭、刘季武等一大堆优秀将领被杀，以刘敬宣和宗室司马休之为首的残部想要造反，不是对手，只好逃往南燕和后秦这两个北方邻国。
下一项措施是改革内政，罢黜奸佞之臣，提拔有才之士，东晋各地在这一时期出现了不少出色的官员，他还下令限制佛教寺院无节制的发展僧尼。这些本来都是革除敝政、稳定时局的好事，可惜，桓玄的举措不过是想借机提高威望、扩大影响，不久他便暴露了奢豪放纵的公子哥儿本性，朝上政令无常，朝下结党营私，东晋的危机重现。当时投奔后秦的北府兵旧将袁虔之评价桓玄才略不如其父，所扮演的角色不过是“为它人驱除耳”；南燕的中书侍郎韩范也认为桓玄早晚被江东“豪杰诛灭”。
野心勃勃的桓玄，到头来还是为他人做了嫁衣裳。
