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刘毅及其党羽被迅速消灭后，与刘裕起兵反对桓玄的异己就只有诸葛长民了。诸葛长民在卢循之乱中守卫京城，立下大功，这个时候就任督豫州扬州六郡诸军事，镇守在京城附近。
诸葛长民虽说也是老资格的重臣，但在很多方面却显得目光短浅，又不懂得明确站队，跟刘裕并不是一条心。卢循进攻建康的时候，诸葛长民的主张与前面所说的孟昶是一致的，要求护驾北迁。刘裕坚决不同意北迁，诸葛长民比孟昶聪明那么一点点，服从了刘裕的调遣，与刘毅等人守备在北陵。卢循之乱平息，诸葛长民升了官，就没了记性，反倒得意起来。
二刘相争，刘裕为了安抚诸葛长民，让他留守太尉府管事，并且可以带五十名全副武装的卫士进宫，以防不测。建康这边没了刘裕的强势压力，诸葛长民还真以为自己了不起了，他也不理政事，只让手下四处聚敛珍宝美女，并给自己营造宅院府第，引起了老百姓的不满。
这好事并没维持多久。刘毅的势力被扑灭，迅猛程度远远超过包括刘裕本人在内几乎所有人的预想。诸葛长民这才有些大梦初醒，对自己的亲信说：“俗话说：‘昔年醢彭越，前年杀韩信’，当年刘邦诛杀功臣，就是一个个下手的，我怕是要大祸临头了！”
他暗中对刘裕的副手刘穆之试探道：“民间很多人都说太尉（刘裕）与我不和，是啥原因呢？”
刘穆之应道：“太尉西征，把府上大大小小的事情都托付给了足下，岂能说与你不和？”
诸葛长民这才稍稍放心，但依然惧怕刘裕，暗中图谋不轨。他的弟弟诸葛黎民以“唇亡齿寒”的道理劝他早作打算，乘刘裕还没回京之际发动政变。“当断不断，反受其乱”，诸葛长民腐败起来“一丝不苟”，性命攸关的时刻却又变得犹豫不决，感慨道：“哎，贫贱的时候想要富贵，富贵了呢，又害怕危机降临，如今我只想在丹徒做个小小的布衣，怎么就这么难呢！”
他终究对自己的实力没信心，不敢动手，却又不甘心，画蛇添足地给刘敬宣写信，要与他联手造反。这真是所托非人，刘敬宣虽然手握重兵，却是个没啥政治野心的“好孩子”，对刘裕忠心耿耿，刘毅想作乱的时候就曾被他告过一次密，比刘毅更弱的诸葛长民哪有希望让他倒戈？“告密专家”刘敬宣专程派人把密信送到西征的刘裕手中，刘裕夸赞刘敬宣忠诚之余，并不十分担心，只派了辅国将军王诞先去京城，协助刘穆之等人防备。
