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管你是王是帝，不服的还是不服，益州刺史毛璩不愿接受桓玄的调令，传檄益州各地，列数桓玄罪状，起兵对抗。刘裕与何无忌见时机成熟，就拉了同在京口的北府兵将领刘毅、孟昶等人共商大事。刘裕的异母弟刘道规和将领诸葛长民都在桓玄手下的军队中做参军，刘裕便密令他们暗杀各自的长官，据守广陵与历阳，他又在建康城中广布卧底，只等号令一下，同时举事。
桓玄称帝次年二月底的一天夜里，刘裕以游猎为名，与何无忌一起集结了一百来人来到京口城下。第二天天一亮，何无忌穿上传诏使臣的衣服，对刚刚打开城门的守兵说：“我们是朝廷派来颁布诏书的，让刺史桓修（桓修也是桓玄的堂兄，桓玄称帝，他做了徐州、兖州两州刺史，镇守京口）速来见我。”守兵们不明就里，放他们进城。何无忌一马当先，随从跟在后面，桓修听说敕使到来，赶紧上前听诏。何无忌手起刀落，将他斩做两段，稀里糊涂的桓修没明白怎么回事呢，就被刘裕拿来祭了旗。刘裕登上城楼，对桓修的司马刁弘等城中的文武官员说：“晋帝已被江州刺史郭昶之迎回京城，贼首桓玄已被枭首示众，你等当初难道不是晋朝的臣子们么，还想造反不成？”刁弘等人信以为真，不敢再造次。刘裕又乘其不备，诛杀了刁弘。
一切顺利，刘毅、孟昶、刘道规也同时完成了任务，设计杀了青州刺史桓弘，攻占了广陵。刘裕马上发布讨桓檄文，虚张声势，很快在京口、广陵两地招募了几千兵马，直奔建康杀来。皇帝位子还没坐热的桓玄听说刘裕起兵，吓得六神无主。左右安慰他说：“刘裕等人不过是乌合之众，兵力又弱，不可能成功，不值得忧虑。”桓玄可不这么认为，他说：“刘裕乃是当世英雄，刘毅家里没啥钱，赌博的时候却敢一掷百万，何无忌又酷似其舅刘牢之；这哥仨凑在一起，怎能说他们不可能成功呢？（总算还有点头脑，可惜醒得太晚咯）”他捕杀了刘裕在建康城中布下的卧底，听从桓谦的建议，派遣骁将吴甫之和皇甫敷前往抵抗。
刘裕在此时，已得了不少新助手，文有才比萧何的刘穆之，武有智勇双全的朱龄石，加上北府旧将的一干人等，都是将来辅佐他建立宋国的得力干将。正如桓玄所料，刘裕兵力虽少，战斗力却极强。刘裕又祭出对付孙恩的呼叫战法，部下兵士一个个如下山猛虎，所向披靡，阵斩吴甫之。皇甫敷不甘示弱，亲率数千人迎战。战事激烈，刘裕部将檀凭之战死，刘裕本人被皇甫敷重重包围，被逼到大树前，再无退路。皇甫敷笑道：“刘裕啊刘裕，你想怎么个死法？”说着拔戟就刺，刘裕大吼一声，皇甫敷竟被惊得没刺中！（刘裕几次在不利的战事中凭借吼声转危为安，可见其“狮吼功”练得不是一般的强）两人正相持间，刘裕的部下赶到，一箭射倒了皇甫敷，刘裕又补上一刀，砍死了皇甫敷。刘裕乘胜进军，攻到建康城外的覆舟山下。
建康城中，桓玄听闻自己两员大将战死沙场，心生恐惧。于是他与吏部郎曹靖之之间有了那么一段颇富深意的对话。
桓玄问大臣们：“朕难道败了么？”曹靖之答道：“民怨神怒，微臣怕是真要败了。”桓玄不解：“民怨也就罢了，神却为什么会怒呢？”曹靖之说：“陛下把晋朝宗庙移到江滨，使其流离失所，而自家的宗庙呢，又不祭祖辈（桓玄的宗庙，只祭到其父桓温，因此不合礼法），这些神灵都会怒的。”桓玄生气：“既如此，爱卿为何不早说？”曹靖之说：“辇车上的帝王都以尧舜自居，微臣哪里还敢说话？”一句话点中了帝王们得意时的心态，透彻之极，桓玄无言，只好让桓谦、卞范之等人带着两万兵马出城御敌碰碰运气。
那头刘裕则有心决战，军中士兵饱餐一顿后，他把剩下的军粮全部丢弃，又让老弱士兵登上覆舟山，升起旗帜以为疑兵，各路并进，呼声振天。桓玄的军队不知敌军虚实，虽在实际人数上占优却不敢作战，更何况桓谦的士卒多是北府兵出身，知道刘裕的厉害，还没怎么打呢，士气就矮了半截。刘裕借着风势，放火助攻，桓谦等人的军队便不再抵抗，顷刻间四散溃逃。
