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这世界上不会有比他更倒霉的侦探了吧。
曾经梗着脖子不愿承认自己真倒霉的工藤新一默默叹气，三个月前，他和小兰一起去游乐园玩，还处理了一起凶杀案。准备离开游乐园的时候，工藤新一发现了两个不对劲的黑衣男人，进而目睹了他们进行秘密交易的现场。
倒霉如他，被打晕，然后喂了药。
幸运的是，工藤新一没有死。
不幸的是，工藤新一缩小了！
工藤新一缩水到七岁的年纪，又因为招惹到神秘组织而不得不化名江户川柯南，住进了毛利兰的家里。他人缩小了，但推理能力没有缩水，而毛利兰的父亲恰好也是一位侦探，就是挺不靠谱的。
感谢阿笠博士的种种发明，让他一麻-醉-针放倒毛利叔叔，借助他的身份继续推理破案。
名侦探的本事不是吹出来的，阴差阳错下，毛利叔叔屡破大案，成了备受媒体追捧的“沉睡的小五郎”。
工藤新一倒是不介意将荣誉都送给毛利叔叔，就是看着整日忧心忡忡的毛利兰，他实在有些心虚。
不将真相告诉毛利兰，主要是想要保护她，毕竟，那个喂了他药的神秘组织在暗，发现他没死，转而盯上小兰就糟糕了。还有一点原因，就是工藤新一不想挨青梅的打。
