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这是两个互不相属的系统，十二卫府统天下府兵，各地车骑府骠骑府都是交叉分属于十二卫的，但这十二道十二军，却相当于是十二军区十二个军团，他们在职能上，更类似于一支常备军团。
唐初的卫府制，其实不完善，沿袭于隋，但开国初军权上不完整，皇帝有自己的禁军，太子有自己的东宫十率、秦王、齐王都有自己的六护军，甚至连平阳公主柴绍夫妇以前都有自己的军队。
相比十二卫，反倒是这十二军整合的比较完整，各设一将军、副将，各统一军，各镇一道，对道内兵马，有很高的指挥权限。
这十二军区，其中长安和万年两道，就是京城一左一右最核心的，长安道的军团叫旗鼓军，统领着京西六十多个军府，这些军府大的一千二，中等一千，小的八百，实际上约有六万人左右。
这可是实力非常强。
又是京城最核心之地的军队，此前鼓旗将军是杨恭仁，杨恭仁是武德朝的宰相，后来出镇凉州，再召回朝任检校中书令兼吏部尚书，又加右卫大将军、鼓旗将军。
这个杨恭仁是武士彟的续弦妻堂兄，武士彟之前也检校过十二军之一的井铖将军。
自兵变成功后，李世民一直都在忙着调整，这军权自然是重中之重。
秦琼再次站起来后，李世民便马上想到要把最关键的鼓旗将军一职交给他，由他来统领这京西六十余府，同时还给他加封为左武卫大将军，为了让他能够更好的担任这职位，还特封他镇军大将军。
又特意追赠秦琼父亲历城县公爵位，还让他几岁的儿子承袭。
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