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工藤新一是霓虹有名的高中生侦探，他的父亲是拿过奥斯卡的编剧加推理小说家，母亲是曾经的娱乐圈顶流女演员，而他自己也怀揣着想要成为侦探的梦想，年纪轻轻就已经被大家称为霓虹警察的救世主。
就这样原本应该是意气风发，有着光明未来的青年，如今却变成了小学一年级的小学生，靠着谎言寄住在青梅竹马的毛利兰家里。
而这一切的罪魁祸首，就是他们——穿着黑色衣服的男人！
那天在游乐园，先是经历了被吓晕的法术攻击，又遭受到当头一棍的物理伤害，最后还被人用药想要彻底杀人灭口完成补刀。
原本以为真的会死在那里，然而走马灯才播放到一半，他就彻底失去了直觉。
醒过来后，全身上下都退回到了六七岁的时候。
这样匪夷所思的事情告诉谁都不会相信，而且在那些危险分子的眼中自己已经是死人了，为了保护周围人的安全，工藤新一化名为江户川柯南，目前只有邻居的阿笠博士知道自己的身份。
变成小学生后，他重新回到了他的母校，帝丹小学就读一年级。
虽然不知道前方面临的是什么，但日子还得继续过下去，他也没有一刻放弃追查那些家伙的行踪，想要变回正常的自己。
今天他跟着毛利兰的爸爸毛利小五郎，三个人一起乘搭新干线，前往京都去体验温泉旅馆。
